Czasopismo | PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY | Rocznik 2010 - zeszyt 9

Algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzacj˛e opartych o nieklasyczne chipy DNA

nr katalogowy: 55502

W niniejszym artykule przedstawione zostana˛ algorytmy dla problemów sekwencjonowania przez hybrydyzacje˛ opartych o dwa nieklasyczne chipy DNA. Opisane zostana˛ zasady kontrukcji rozpatrywanych chipów oraz sposób działania algorytmów rozwia˛zuja˛cych problem SBH z ich pomoca˛. Przedstawione zostana˛ takz˙e wyniki eksperymentów obliczeniowych, w których testowane be˛da˛ omawiane algorytmy oraz algorytm klasyczny. Abstract. In this paper algorithms for sequencing by hybridization problems based on two non-classical DNA chips are presented. The idea of these chips is briefly described and the algorithms are presented and analyzed in detail. Also the results of an extensive experiment are showed and commented. (Algorithms for sequencing by hybridization problems based on non-classical DNA chips) Słowa kluczowe: sekwencjonowanie DNA, sekwencjonowanie przez hybrydyzacj˛e, algorytmy Keywords: DNA sequencing, sequencing by hybridization, algorithms Wst˛ep Na przestrzeni ostatnich dekad opracowano wiele metod sekwencjonowania DNA. Rozpoczynaja˛c od sekwencjonowania chemicznego a kon´cza˛c (chwilowo) na nowoczesnych sekwenatorach wida´c wyra´znie skal ˛e zapotrzebowania na szybka˛ i skuteczna˛ realizacje˛ tego zagadnienia biochemicznego. Jedna z metod, zaproponowana około dwudziestu lat temu to sekwencjonowanie przez hybrydyzacj ˛e (Sequencing by Hybridization) [1, 5]. Doczekała si ˛e ona od chwili swego powstania wielu modyfikacji oraz znacznych ulepsze´ n. Zasadniczo metoda składa si ˛e z dwóch cz˛e´sci - biochemicznej oraz obliczeniowej. W cz˛e´sci biochemicznej konstruowany jest specjalny chip DNA zawieraja ˛cy wszystkie oligonukleotydy o okres´lonej długos´ci. Oligonukleotyd oznacza krótka˛, jednoniciowa˛ sekwencje˛ DNA, nie przekraczaja˛ca˛ w praktyce długos´ci 15-20 nukleotydów. Ka˙zda komórka chipu (tj. sonda) zawiera jeden typ oligonukleotydu powielony w bardzo wielu kopiach na jej powierzchni. Cz˛e´s´c biochemiczna metody składa[...]

Jeśli masz wykupiony/przyznany dostęp - zaloguj się. Skorzystaj z naszych propozycji zakupu!

Publikacja


e-Publikacja (format pdf) - nr 55502 "Algorytmy dla problemów s..." licencja: Osobista Produkt cyfrowy	10.00 zł

Zeszyt


PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - e-zeszyt (pdf) 2010-9 licencja: Osobista Produkt cyfrowy	55.00 zł

Prenumerata

PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - prenumerata cyfrowa
licencja: Osobista

Produkt cyfrowy
Nowość

762.00 zł

PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - PAKIET prenumerata PLUS
licencja: Osobista

Szczegóły pakietu

Nazwa
PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - PAKIET prenumerata PLUS (Prenumerata papierowa + dostęp do portalu sigma-not.pl + e-prenumerata)	1002.00 zł brutto 927.78 zł netto 74.22 zł VAT (stawka VAT 8%)

1002.00 zł

PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - papierowa prenumerata roczna + wysyłka
licencja: Osobista

Szczegóły pakietu

Nazwa
PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - papierowa prenumerata roczna	960.00 zł brutto 888.89 zł netto 71.11 zł VAT (stawka VAT 8%)
PRZEGLĄD ELEKTROTECHNICZNY - pakowanie i wysyłka	42.00 zł brutto 34.15 zł netto 7.85 zł VAT (stawka VAT 23%)

1002.00 zł

Zeszyt

2010-9

Twój Koszyk

Publikacja

Zeszyt

Prenumerata

Zeszyt

Czasopisma