Wyniki 1-4 spośród 4 dla zapytania: authorDesc:"Wojciech KOZŁOWSKI"

Alternative colour space construction of the stain reaction in FISH image analysis for quantification of the HER2 gene amplification

Czytaj za darmo! »

The paper presents a study of the different colour representation (intensity of the stain reaction) in FISH images. The better colour visualisation of the centromers and HER2 genes in these methods of the breast cancer stain has a significant influence to correct evaluation of the presence/absence HER2 gene amplification. We taken into account wide range of the image colour representation and propose alternative colour space construction, based on the selected signals in FISH image registration. The proposed approach offers the reduction of the angle between HER2 dots from about 10º to 5.5º. Streszczenie. Artykuł prezentuje analizę różnych reprezentacji barwnych obrazów FISH. Lepsza wizualizacja barwna centromerów i genów HER2 w rozważanym barwieniu preparatów raka sutka ma znaczący wpływ na prawidłowość oceny obecności bądź braku amplifikacji tego genu. W badaniu przeanalizowano wiele reprezentacji barw oraz zaproponowano alternatywny sposób konstrukcji przestrzeni barw, poprzez użycie wybranych sygnałów z rejestracji obrazów FISH. Zaproponowane podejście pozwala zmniejszyć kąt przestrzenny pomiędzy poszczególnymi znacznikami genów HER2 z wartości około 10º do 5.5º. (Alternatywne przestrzenie barw w analizie obrazów FISH w analizie ilościowej amplifikacji genu HER2) Keywords: colour representation, FISH, breast cancer. Słowa kluczowe: reprezentacja barw, FISH, rak sutka. Background Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a valuable method for determining HER2/neu status in breast cancer. The over-expression of HER2 oncogene is presents in approximately 20-40% of breast cancer cases giving an indication to trastuzumab therapy. The analysis of the FISH microscopic images requires the recognition of the separate cell nuclei and green and red dots inside them, represent the 17th centromers (CEP-17) and HER2 genes in the chromosomes. The amplification was considered if the ratio HER2/CEP-17 was >2.0. The microsco[...]

Automatic cell counting in neuroblastoma

Czytaj za darmo! »

The paper presents a method of automatic cell counting on the basis of the pathology images. The evaluated images are microscope slides of neuroblastoma disease in Ki-67 (MIB-1) staining. This disease is recognized as the fourth in frequency of appearance of the malignant tumours for people under 15 years old. This evaluation was introduced by Shimada and it is important factor in the stroma-poo[...]

Automatic ROI selection in virtual slide images for assessment of pathomorphological diagnostic DOI:10.15199/48.2015.07.01

Czytaj za darmo! »

This paper describes the automatic region of interest selection method in virtual slide images for assessment of pathomorphological diagnostic. The proposed method for identification of high concentration of immunopositive cancer cells is based on specimen area recognition, segmentation of the immunopositive cells, local maxima recognition on cell density map and function of penalty to avoid the too high concentration of the selected ROIs. The obtained results confirm, that average 8.6±1.4 of 10 reaction fields chosen manually were compliant regionally with regions selected automatically, which is a high compliance of specimen histological examination. Streszczenie. W pracy zaproponowano metodę automatycznego wyboru obszarów zainteresowań w obrazach wirtualnych preparatów jako narzędzie wspierające diagnostykę patomorfologiczną. Zaproponowane metoda identyfikacji obszarów o wysokiej koncentracji immunododatnich komórek nowotworowych bazuje na wydzielaniu obszaru tkanki z obrazu, segmentacji komórek immunododatnich, wykrywaniu lokalnych maksimów na mapie gęstości rozkładu komórek oraz zaproponowanej funkcji kary w celu uniknięcia nadmiernej koncentracji zwracanych obszarów zainteresowań. Wyniki liczbowe wskazują, iż średnio 8.6±1.4 na 10 wybranych pól manualnie oraz automatycznie jest tożsamych obszarowo, co skutkuje wysoką zgodność oceny histologicznej przypadków. (Automatyczna selekcja obszarów zainteresowania w wirtualnych preparatach jako narzędzie do wspomagania diagnostyki patomorfologicznej). Keywords: image processing, mathematical morphology, pathomorphology, artificial intelligence. Słowa kluczowe: przetwarzanie obrazów, morfologia matematyczna, patomorfologia, sztuczna inteligencja. Background Histopathological examination of tissues subject to immunostain tests is a basic method of recognizing a cancer and it provides valuable indicators concerning the choice of optimal therapy or defining prognostic indicators. It c[...]

Computer-assisted Fuhrman grading system for the analysis of clear-cell renal carcinoma: a pilot study

Czytaj za darmo! »

The paper presents an automatic computer system for evaluation of the Fuhrman degree in renal carcinoma, of the accuracy comparable to the human expert. The solution uses the combined methods of mathematical morphology, Hough transform and neural networks for the estimation of Fuhrman degree of the carcinoma clarocellular cells, based on the microscopic kidney image. The results of numerical experiments have shown that the average discrepancy rate between the score of our system and the human expert results estimated on the basis of almost 300 cells is below 10% and this accuracy is acceptable in the medical practice. . Streszczenie Praca przedstawia podejście komputerowe do automatycznej oceny stopnia skali Fuhrmana w przypadku raka nerki. Ocena dotyczy mikroskopowego obrazu nerek. Proponowane rozwiązanie stosuje zespół metod obejmujących morfologię matematyczną, transformację Hougha, sieci neuronowe oraz grupowanie danych wielowymiarowych. Proponowane rozwiązanie zostało sprawdzone na zbiorze prawie 300 obrazów nerek z różnym stopniem zaawansowania choroby nowotworowej. (Komputerowy system oceny stopnia zaawansowania raka nerek według skali Fuhrmana) Keywords: Fuhrman grading, renal carcinoma cells, mathematical morphology, data clustering and classification, Hough transform. Słowa kluczowe: skala Fuhrmana, rak nerki, morfologia matematyczna, grupowanie i klasyfikacja danych. Introduction The grading schema of clear-cell renal carcinoma (CCRCC) is based on the microscopic image of a neoplasm cells at application of hematoxylin and eosin (H&E) staining. The most popular and widely used system for grading RCC is a nuclear grading system described in 1982 by Fuhrman [1,2]. This grading affects mainly the prognosis of the development of the illness. It is defined on a scale of 1-4, where grade 1 carries the best prognosis and grade 4 the worst. The grade is strictly correlated with stage in that larger tumors tend to be higher grade. [...]

 Strona 1