Wyniki 1-10 spośród 11 dla zapytania: authorDesc:"Tomasz MARKIEWICZ"

Comparison of single and sequential thresholding applied to segmentation of a cell cluster at Ki-67 staining

Czytaj za darmo! »

The paper presents the comparison of different approaches to segmentation of a cell cluster in microscopic images at Ki-67 stained tissues. In automatic quantitative analysis appropriate cell segmentation is the most important task. The main problem is a cell bordering or overlapping, which makes different cell clusters very difficult to separate. Different types of cells based on all nuclei can be recognized. Among them there exists bordering with lighted area between nuclei, the bordering without that area but with significant narrow space between nuclei and in the bad case without even this narrow space. In the first case the optimal selection of threshold value, also in the sequential thresholding manner, can be a successful approach. For nuclei bordering with significant narrow border the appropriate distance transformation and the watershed transform is the most common method to separate these cells. The advantages and disadvantages of different approaches to segmentation will be presented and discussed in the study. Streszczenie. W pracy przedstawione jest porównanie różnych metod segmentacji klastrów komórek w obrazach mikroskopowych przy odczynie Ki- 67. Jest to obok klasyfikacji komórek główny problem występujący w automatycznej analizie ilościowej preparatów tkanek. Klastry komórek są obiektami obrazu bardzo trudnymi do właściwej segmentacji i związane są ze stykaniem lub nakładaniem się profili jąder komórek. Można odróżnić kilka rodzajów klastrów: z jaśniejszym obszarem pomiędzy jądrami komórek, bez takiego obszaru ale z przewężeniem powierzchni oraz w najtrudniejszym przypadku bez przejaśnień i przewężeń. W pierwszym z wymienionych przypadków skutecznym podejściem jest odpowiedni wybór progu do progowania, w tym podejście oparte na progowaniu sekwencyjnym. W drugim przypadku dobre efekty daje metoda działów wodnych w połączeniu z właściwą transformacją odległościową. Skuteczność rozważanych w pracy podejść segmentacji klastrów k[...]

Morphological operations for blood cells extraction from the image of the bone marrow smear

Czytaj za darmo! »

The paper presents the morphological approach to the extraction of the blood cells on the basis of the image of the bone marrow smear. The basic operation leading to the segmentation of the cells is the watershed algorithm cooperating with the morphological operations like erosion, dilation opening and closing. On the basis of statistical results we have shown that morphological operations repre[...]

System for automatic recognition of cells in the bone marrow using Support Vector Machine

Czytaj za darmo! »

Referat przedstawia zastosowanie sieci neuronowej typu Support Vector Machine do rozpoznawania komórek krwiotwórczych na podstawie obrazu rozmazu szpiku kostnego. Praca dotyczy wszystkich etapów przetwarzania: ekstrakcji pojedynczych komórek z obrazu, przetworzenia obrazu komórki na cechy diagnostyczne, selekcji najlepszych cech oraz samego układu rozpoznania i klasyfikacji komórek. Główny nacisk pracy położony jest na element praktycznego wykorzystania opracowanego systemu komputerowego i omówienie uzyskanych wyników rozpoznania komórek dla pacjentów Instytutu Hematologii i Transfuzjologii w Warszawie. (System komputerowy rozpoznania komórek krwiotwórczych w leukemii przy zastosowaniu sieci SVM). Abstract. The paper presents the automatic system for blood cells recognition in the le[...]

Quick texture generation for multiobject image analysis in brain pathology

Czytaj za darmo! »

Referat przedstawia zastosowanie generacji cech teksturalnych w rozpoznawaniu komórek nowotworowych. Proces rozróżniania komórek jest dość złożony ze względu naturalną złożoność obrazów, konieczność ekstrakcji pojedynczej komórki obrazu oraz trudności w wyborze odpowiednio różnicującej cechy. W pracy porównane zostały efekty zastosowania dwóch rodzajów modeli - opartego na cechach Unsera oraz modelu Markova. Główny nacisk pracy położony jest na praktyczne zastosowanie obu metod w diagnozie nowotworowej.(Szybka generacja cech teksturalnych do analizy obrazów z wieloma komórkami w patologii mózgu) Abstract. The paper presents two methods of texture features generation for recognition between neoplasm and non-neoplasm cells in cancer diagnosis. There are few problems which need to be so[...]

Alternative colour space construction of the stain reaction in FISH image analysis for quantification of the HER2 gene amplification

Czytaj za darmo! »

The paper presents a study of the different colour representation (intensity of the stain reaction) in FISH images. The better colour visualisation of the centromers and HER2 genes in these methods of the breast cancer stain has a significant influence to correct evaluation of the presence/absence HER2 gene amplification. We taken into account wide range of the image colour representation and propose alternative colour space construction, based on the selected signals in FISH image registration. The proposed approach offers the reduction of the angle between HER2 dots from about 10º to 5.5º. Streszczenie. Artykuł prezentuje analizę różnych reprezentacji barwnych obrazów FISH. Lepsza wizualizacja barwna centromerów i genów HER2 w rozważanym barwieniu preparatów raka sutka ma znaczący wpływ na prawidłowość oceny obecności bądź braku amplifikacji tego genu. W badaniu przeanalizowano wiele reprezentacji barw oraz zaproponowano alternatywny sposób konstrukcji przestrzeni barw, poprzez użycie wybranych sygnałów z rejestracji obrazów FISH. Zaproponowane podejście pozwala zmniejszyć kąt przestrzenny pomiędzy poszczególnymi znacznikami genów HER2 z wartości około 10º do 5.5º. (Alternatywne przestrzenie barw w analizie obrazów FISH w analizie ilościowej amplifikacji genu HER2) Keywords: colour representation, FISH, breast cancer. Słowa kluczowe: reprezentacja barw, FISH, rak sutka. Background Fluorescent in situ hybridization (FISH) is a valuable method for determining HER2/neu status in breast cancer. The over-expression of HER2 oncogene is presents in approximately 20-40% of breast cancer cases giving an indication to trastuzumab therapy. The analysis of the FISH microscopic images requires the recognition of the separate cell nuclei and green and red dots inside them, represent the 17th centromers (CEP-17) and HER2 genes in the chromosomes. The amplification was considered if the ratio HER2/CEP-17 was >2.0. The microsco[...]

A sequential extended regional maxima transformation with contrast-based criterion for image segmentation DOI:10.15199/48.2015.07.05

Czytaj za darmo! »

This paper describes the sequential extended regional maxima transformation combined with the contrast-based criterion for establishing a sub-optimal h-value. This method is applied to computed tomography angiography and histological image segmentation. The presented method is effective for high and low contrasted arteries, which are detected in 94.3% exactly and in 97.7% with area tolerance, and also for cell nuclei segmentation with near 95% of accuracy. Streszczenie. W pracy przedstawiono zastosowanie transformaty rozszerzonych maksimów lokalnych połączoną z kryterium opartym na kontraście celem ustalenia suboptymalnej wartości parametru h. Zaproponowana metoda została wykorzystana do analizy obrazów tomografii komputerowej naczyń oraz obrazów histologicznych. Okazała się ona wysoce skuteczna dla identyfikacji naczyń z różnym poziomem zakontrastowania, pozwalając na około 96% ich rozpoznawalność, jak również blisko 95% skuteczność w segmentacji jąder komórek w obrazach mikroskopowych. (Sekwencyjna transformata rozszerzonych maksimów lokalnych z kryterium opartym na kontraście z zastosowaniu do segmentacji obrazów). Keywords: image processing, mathematical morphology, computed tomography, pathomorphology. Słowa kluczowe: przetwarzanie obrazów, morfologia matematyczna, tomografia komputerowa, patomorfologia. Introduction The extended regional maxima is a mathematical morphology transformation ad-dressed to detection of the region which locally dominates in the grey scale image. For the assumed altitude parameter h all regions augmented from their background at minimum h value are extracted. When the procedure is unambiguously defined and well known, the altitude parameter is commonly selected a priori or in validation pro-cess as a one fixed value. This selection can be inadequate for many objects, especially recognizable from the background on different grey level. We meet with this problem in artery analysis in computerized tomog[...]

Automatic cell counting in neuroblastoma

Czytaj za darmo! »

The paper presents a method of automatic cell counting on the basis of the pathology images. The evaluated images are microscope slides of neuroblastoma disease in Ki-67 (MIB-1) staining. This disease is recognized as the fourth in frequency of appearance of the malignant tumours for people under 15 years old. This evaluation was introduced by Shimada and it is important factor in the stroma-poo[...]

Klasyfikacja sygnałów w procesie wykrawania blach

Czytaj za darmo! »

Referat przedstawia zastosowanie sieci neuronowej typu Support Vector Machine do klasyfikacji sygnałów siły i emisji akustycznej w procesie wykrawania blach. W zależności od luzu występującego w urządzeniu emisja akustyczna oraz siła znacznie się różnią. Dokonując klasyfikacji tych sygnałów można rozpoznać wielkość luzu i na tej podstawie sterować procesem produkcyjnym dla zapewnienia najlepszej[...]

Analysis of medical data using dimensionality reduction techniques

Czytaj za darmo! »

The paper presents the application of dimensionality reduction methods for representation of the multidimensional medical data representing the images of the blood cells in leukemia. Different techniques of reduction belonging to linear and nonlinear methods will be applied and their efficiency compared. Their application to the visualization of different classes as well as clusterization and classification of data will be studied and discussed in the paper. Streszczenie Praca przedstawia zastosowanie różnych metod redukcji wymiaru danych w reprezentacji numerycznej deskryptorów charakteryzujących klasy komórek krwiotwórczych w białaczce. Porównane zostaną różne podejścia do redukcji oparte na metodach liniowych i nieliniowych transformacji. W szczególności analizie poddane zostaną możliwości zastosowania tych metod w wizualizacji danych jak również klasteryzacji i klasyfikacji. W pracy pokazane zostaną wyniki przeprowadzonych eksperymentów dotyczących 11 klas komórek. (Analiza wielowymiarowych danych medycznych z użyciem wybranych technik redukcji wymiarów) Keywords: multidimensional reduction techniques, data visualization, data clustering and classification. Słowa kluczowe: techniki redukcji wielowymiarowej, wizualizacja danych wielowymiarowych, grupowanie i klasyfikacja danych. Introduction Medical data usually contains very large amount of information hidden in the form of either images or signals. To uncover the kernel of this information we have to apply specialized tools allowing to detect the piece of information we actually need. The first step of such processing is the analysis of data usually associated with the optimal reduction of their size [2]. This step involves the reduction of either dimension of the observation vectors or representation of them by smaller representative population. In this paper we apply both forms of reduction of medical data concerning the blood cell analysis. In the first step we reduce the di[...]

Automatic ROI selection in virtual slide images for assessment of pathomorphological diagnostic DOI:10.15199/48.2015.07.01

Czytaj za darmo! »

This paper describes the automatic region of interest selection method in virtual slide images for assessment of pathomorphological diagnostic. The proposed method for identification of high concentration of immunopositive cancer cells is based on specimen area recognition, segmentation of the immunopositive cells, local maxima recognition on cell density map and function of penalty to avoid the too high concentration of the selected ROIs. The obtained results confirm, that average 8.6±1.4 of 10 reaction fields chosen manually were compliant regionally with regions selected automatically, which is a high compliance of specimen histological examination. Streszczenie. W pracy zaproponowano metodę automatycznego wyboru obszarów zainteresowań w obrazach wirtualnych preparatów jako narzędzie wspierające diagnostykę patomorfologiczną. Zaproponowane metoda identyfikacji obszarów o wysokiej koncentracji immunododatnich komórek nowotworowych bazuje na wydzielaniu obszaru tkanki z obrazu, segmentacji komórek immunododatnich, wykrywaniu lokalnych maksimów na mapie gęstości rozkładu komórek oraz zaproponowanej funkcji kary w celu uniknięcia nadmiernej koncentracji zwracanych obszarów zainteresowań. Wyniki liczbowe wskazują, iż średnio 8.6±1.4 na 10 wybranych pól manualnie oraz automatycznie jest tożsamych obszarowo, co skutkuje wysoką zgodność oceny histologicznej przypadków. (Automatyczna selekcja obszarów zainteresowania w wirtualnych preparatach jako narzędzie do wspomagania diagnostyki patomorfologicznej). Keywords: image processing, mathematical morphology, pathomorphology, artificial intelligence. Słowa kluczowe: przetwarzanie obrazów, morfologia matematyczna, patomorfologia, sztuczna inteligencja. Background Histopathological examination of tissues subject to immunostain tests is a basic method of recognizing a cancer and it provides valuable indicators concerning the choice of optimal therapy or defining prognostic indicators. It c[...]

 Strona 1  Następna strona »